

Die Fischereiverwaltung ist dem Amt für Umweltschutz zugeordnet. Sie beschäftigt sich mit folgenden Aufgaben:
Die Fischaufzucht hat zum Ziel, Fischgewässer, in denen ein natürliches Aufkommen der Fische nur beschränkt oder z. T. gar nicht möglich ist (z. B. wegen ungenügendem Restwasser, Begradigungen, Verbauungen etc.), mit Fischen zu besetzen. Dieser Fischbesatz dient einerseits der Arterhaltung, andererseits der Sicherung eines ökologisch und fischereiwirtschaftlich wünschbaren Fischbestandes in den Fischgewässern.
Die kantonale Fischereiverwaltung betreibt drei kantonale Fischzuchtanlagen. In Flüelen werden Balchen und Albeli zu Brütlingen aufgezogen, Hechte zu Vorsömmerlingen sowie Seeforellen und Rötel zu Sömmerlingen. Im Rynächt wachsen Bach-, Regenbogen- und Seeforellen-Jährlinge sowie Bachforellen-Muttertiere heran. Die Fischzuchtanlage in Silenen widmet sich primär der Aufzucht von Bachforellen-Sömmerlingen, Bachforellen-Brütlingen und Regenbogenforellen-Sömmerlingen.
Die Laichfischerei in den verschiedenen Fliessgewässern und im Urner See dient dazu, die für die Aufzucht notwendigen Elterntiere zu fangen. Von diesen Tieren werden die Eier gewonnen. Diese Eier werden in der kantonalen Fischzuchtanlage in Flüelen befruchtet und die Brütlinge dann aufgezogen. Die Laichfischerei in den Fliessgewässern wird von der Fischereiverwaltung, die Laichfischerei im Urner See von den Berufsfischern durchgeführt.
Grundlage einer optimierten Fischereibewirtschaftung und eines ökologisch vertretbaren Fischbesatzes ist eine Bestandesüberwachung. Deshalb untersucht und bewertet die Fischereiverwaltung Fischgewässer und Fischbestände. Ausserdem führt sie jedes Jahr in Zusammenarbeit mit dem Urner Fischereiverein einen Fischbesatz durch. Dabei werden in die Fliessgewässer Bachforellen-Brütlinge, Bachforellen-Sömmerlinge, Seeforellen-Sömmerlinge und Äschen-Sömmerlinge sowie z. T. Seeforellen-Jährlinge eingesetzt. In die Bergseen werden Bachforellen-Sömmerlinge, Regenbogenforellen-Sömmerlinge, Namaycush-Sömmerlinge, Seesaibling-Sömmerlinge und Seesaibling-Jährlinge eingesetzt. Der Göscheneralp-Stausee wird zusätzlich mit Regenbogenforellen-Jährlingen und z. T. mit zweijährigen Regenbogenforellen besetzt.
Die Fischereiverwaltung wertet jährlich die Fischfangstatistik der Angelfischerinnen und Angelfischer aus. Diese dient als Grundlage für die Fischereibewirtschaftung und für allfällige Schadenberechnungen.
Die Fischereiverwaltung hat jeweils zu Wassserbau- und Wasserkraftprojekten sowie zu Bauten in und an Gewässern und Kiesgewinnnungsgesuchen Stellungnahmen abzugeben resp. fischereirechtliche Bewilligungen zuhanden der zuständigen Direktion vorzubereiten. Im Weiteren begleitet die Fischereiverwaltung die Entleerung und Spülung verschiedener Staubecken und Wasserfassungen, damit während den Spülungen keine grösseren fischereilichen Schäden entstehen.
14 nebenamtliche und drei freiwillige Fischereiaufseher besorgen im Auftrag der Fischereiverwaltung neben der Fischereiaufsicht auch die Bewirtschaftung der Urner Fischgewässer, den Laichfischfang, die Abfischungen bei Bauarbeiten und die Kontrollbefischungen bei Schadenfällen. Sie kontrolllieren auch die Entleerungen sowie Spülungen von Staubecken und Wasserfassungen.
Die Fischereiverwaltung sorgt dafür, dass aus Fischgewässern wieder Laichgewässer werden: Der Giessen bei Altdorf, der Klostergraben bei Seedorf und ein Teil des Dorfbaches in Flüelen konnten schon revitalisiert werden. Hier laichen heute wieder die vom Aussterben bedrohte Seeforelle und das Bachneunauge. Die Revitalisierungen dienen aber nicht nur dem Artenschutz der Fische, sondern sie kommen auch andern Tieren und Pflanzen, der Landschaft und den Erholungssuchenden zugute.
Es sind weitere Projekte geplant.